Banyaknya jumlah gugusan pulau yang ada di kepulauan seribu kalau dibagi ada dua macam jenis pulau. Yakni pulau resort dan pulau pribadi. Dari 2 Jenis Pulau Yang Ada di Kepulauan Seribu tersebut juga tidak semuanya berpenghuni. Beberapa adalah pulau yang tidak di tempati penduduk.
Pulau-pulau dalam kawasan TNKpS dimanfaatkan untuk berbagai kegiatan, yaitu resort wisata, pemukiman penduduk Kepulauan Seribu, dan beberapa pulau sebagai tempat peristirahatan pribadi.
Sedangkan perairan dalam kawasan TNKpS di Zona Pemukiman digunakan sebagai tempat budidaya perikanan alami tradisional dan areal penangkapan ikan penduduk lokal Kepulauan Seribu.